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1、內吸性殺菌劑能被植物葉、莖、根、種子吸收進入植物體內，經植物體液輸導、擴散、存留或產生代謝物，可防治一些深入到植物體內或種子胚乳內病害，以保護作物不受病原物的浸染或對已感病的植物進行治療，因此具有治療和保護作用。如多菌靈、力克菌、醚菌酯、多霉清、霜疫清、惡霉靈、甲霜靈、乙磷鋁、甲基托布津、敵克松、粉銹寧、甲霜銅、殺毒礬、拌種雙等。
2、非內吸性殺菌劑指藥劑不能被植物內吸并傳導、存留。目前，大多數品種都是非內吸性的殺菌劑，此類藥劑不易使病原物產生抗藥性，比較經濟，但大多數只具有保護作用，不能防治深入植物體內的病害。如霜霉威、硫酸銅、多果定、百菌清、綠乳銅、表面活性劑、增效劑、硫合劑、草木灰、波爾多液、代森錳鋅、福美雙、百菌清等。此外，殺菌劑還可根據使用方法分類，如種子處理劑、土壤消毒劑、噴灑劑等。
殺菌劑的使用方法有多種，每種使用方法都是根據病害發生的規律設計的。常見的使用方法主要有：對田間地上作物噴藥，土壤消毒和種菌消毒三種。
針對田間作物噴藥，影響殺菌劑田間防病效果的因素也不外乎藥劑、環境、作物三個方面，但殺菌劑在施用技術上比殺蟲劑和除草劑的施用技術要求更高，尤其要充分了解病害的發生和發展規律，因為病害的發生和發展不象蟲害和草害那樣一目了然。
對田間農作物噴藥要注意兩點：首先是藥劑的種類和濃度。藥劑種類的選擇決定于病害類型，所以先要作出正確的病害類型診斷，然后才能對癥下藥。如稻瘟病可選稻瘟凈、稻瘟靈、三環唑等，小麥白粉病、銹病要選三唑醇、三唑酮等，花生葉斑病要選甲基托布津等。但還應注意的是同樣的病若發生在不同的作物上，有時也不能用同一種藥劑，如波爾多液可防治霜霉病，但易對白菜產生藥害，故不宜防治白菜霜霉病。藥劑的種類選擇后，還要根據作物種類及生長期、殺菌劑的種類和劑型、環境條件等選擇合適的施用濃度。
合理配置濃度
無論是水劑還是可濕性粉劑藥物，在噴霧前都需要對水稀釋。不同的殺菌劑使用濃度都有要求，因此要嚴格按照說明書進行配比，合理的配置濃度更有利于殺菌劑發揮效用。如果隨意配比，濃度過高會對作物造成藥害;濃度過低達不到防治要求。
適宜噴施時間
噴施殺菌劑的時間與防治效果有直接關系，噴施過早會造成藥劑浪費，且降低防治效果;過遲病原物已經對作物造成危害。因此，需要根據不同病害發生的規律、預測預報以及具體情況，及時用藥。一般來說，殺菌劑的用藥時間可選擇在發病前或發病初期。
提高用藥質量
殺菌劑的用藥質量包括用藥數量、用藥次數和噴藥質量。用藥數量要適宜，用藥過多會增加成本和造成藥害，過少又達不到防治效果，因此按照具體情況進行增減。用藥次數可視藥劑殘效期和天氣情況而定，一般每隔10-15天噴施一次，共噴2-3次。如施藥后遇雨，則需補噴。提高用藥質量的方法有噴藥時霧點均勻細密，噴遍植株莖干和葉片。
嚴防藥害
殺菌劑造成藥害的原因有很多，藥劑本身、作物敏感度不同、作物的成長階段和氣候條件都會對其造成影響。一般來說，水溶性較強的藥物、作物在幼苗期和孕穗開花階段，高溫干旱、霧重高濕等情況下產生藥害的機率較大，因此，需要謹慎處理。
